сегодня: 08.07.2020

[сделать стартовой]

Рубрики
Общество
Экономика
Политика
Спорт
Наука
Культура
Образование
Здравоохранение
Информационные технологии
Силовые структуры
Криминал
Происшествия
Экология
Недвижимость
Нск-риэлт
Байкал
Национальные проекты
Лес - богатство Сибири
Нефть и газ Сибири
Сибирский уголь
Научно-технический прогресс
Сибиряки
Мир вокруг нас
Интервью
Актуально

Сибирский федеральный округ
Наука и жизнь

Луна образовалась в результате ядерного взрыва


Видеокамеры для "супермена"


"Конец света" в прямом смысле слова


Земные океаны и атмосфера появились благодаря метеоритной бомбардировке


Солнце на Земле


Искусственный интеллект совсем рядом



ТОП-20 инженерных чудес света



Четвероногий друг


Новости Байкала

2018-07-30 11:59:00 /РИА "Сибирь" /Красноярск

Красноярские ученые в десятки раз увеличили скорость анализа генома

*            В поисках генома



Красноярские ученые создали алгоритм быстрого поиска сходных последовательностей, который позволяет в 10 и более раз ускорить получение результатов анализа структур геномов, сообщил ТАСС один из авторов работы, доктор физико-математических наук, профессор Института космических и информационных технологий Сибирского федерального университета Сергей Царев.

Открытые базы данных по генетическим структурам позволяют исследователям в режиме онлайн-запросов искать близкие генетические структуры или их части для анализа геномов, однако время выполнения такого запроса иногда исчисляется сутками. С аналогичной проблемой ученые сталкиваются и при сборке полного генома организма, в частности, геномов хвойных растений, особенность которых заключается в большом количестве повторов. Такой процесс занимает недели работы крупных вычислительных кластеров. Математики в настоящее время работают над созданием быстрых алгоритмов поиска совпадающих подпоследовательностей в больших массивах подобных текстовых данных.

"Наш метод называется "быстрый поиск с обобщенной шкалой нониуса". Идея напоминает работу штангенциркуля, который имеет штангу с основной шкалой и нониус - вспомогательную шкалу для отсчета долей делений. Этот принцип позволяет резко повысить скорости работы - в 10 раз, иногда больше. Кроме того, наш алгоритм может найти сходные участки ДНК там, где другие алгоритмы могут их пропустить", - рассказал Сергей Царев.

По его словам, быстрые алгоритмы поиска в текстах - область, применяемая чуть ли не везде в современном мире. Например, искать информацию в Google получается за считанные секунды, потому что там, кроме быстрых компьютеров, имеются весьма изощренные алгоритмы быстрого поиска нужной информации в накопленных данных. Другой пример - поиск сходных текстов системами типа "антиплагиат", поиск ошибок в больших текстах и так далее.

Разработка алгоритма, по словам Царева, началась в 2015 году. Тогда совместно с красноярским биофизиком, профессором Михаилом Садовским решено было разработать новый алгоритм быстрого поиска, учитывая специфику геномики. Первых результатов ученым удалось достичь уже в 2016 году и продемонстрировать работу алгоритма на геноме человека и геноме одной из разновидностей дрозофилы. Сравнивая полученные результаты с имеющимися алгоритмами поиска в геномной информации, в том числе со самым старым из них BLAST, оказалось, что алгоритм красноярских ученых значительно превосходит их по скорости поиска данных.

В дальнейшем исследователи намерены встроить свой алгоритм в уже имеющиеся алгоритмы поиска в геномных базах данных, ускорив их работу.

"Мы планируем опробовать эту идею в смежных областях - поиск сходных текстов в системах типа "антиплагиат", ускорение поиска в интернете - тут, конечно, своя область, но и там явно возможен прогресс", - отметил Сергей Царев.



Cмотрите также:  Наука  Красноярский край
Архив
пн вт ср чт пт сб вск
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
 
Поиск по сайту
Что? Где? Когда?
****

2 августа 2020 года Сибирский международный марафон в Омске состоится, сообщили организаторы

*****

24-28 сентября 2020 года в Иркутске пройдет кинофестиваль "Человек и природа"

******

С 5 по 11 октября 2020 года в Иркутске пройдёт чемпионат мира по хоккею с мячом

******
Сохраним Байкал!

Экологический кризис на Байкале: новый эпизод с сине-зелеными водорослями
Все о клещах

Новосибирские ученые: как уберечься от заболеваний, переносимых клещами

Планета Земля

2036 год: Апофеоз или Апокалипсис?


Катастрофы: возможность или неизбежность
Реклама

Универсальная вебкамера за 1190 рублей, функция автоматической записи
*******
О проекте Контакты Партнеры  
Rambler's Top100
Copyright © 2004-2020 РИА "Сибирь"
E-mail: rian@cn.ru
Телефон: 8(383) 214-20-12